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造成系統誤差的來源主要有以下幾點：方法誤差：方法誤差指的是由于食品理化檢驗分析方法本身導致的誤差，這個誤差是不可避免的，因此經常會出現檢驗結果偏低或者偏高的情況。例如在食品理化檢驗中進行重量分析時，沉淀的溶解就容易導致誤差;在滴定過程中沒有反應完全，或者因滴定終點與計量點不相符而導致發生副反應;高溫檢驗導致某些易揮發的物質出現了揮發現象。

人為誤差這里所說的人為誤差主要指的是在食品理化檢驗過程中由于檢驗人員的因素所導致的誤差，主要表現在以下三個方面：操作誤差：操作誤差指的是在正常操作的情況下，由于食品理化檢驗人員主觀因素導致的。例如檢驗人員由于對顏色觀察的敏銳程度就會導致誤差的出現;或者是在對食品試樣進行稱取時沒有進行有效的保護，使食品試樣出現了吸濕等情況;在洗滌沉淀時沒有進行充分洗滌或者過分洗滌均會出現誤差;在對食品進行灼燒沉淀時沒有掌握好溫度;在食品理化檢驗過程中使用滴定管漏液前如果沒有進行潤洗，則會產生掛液現象，在注入液體后容易導致使氣泡殘留在滴定管下端;檢驗人員在度數時仰視(或俯視)刻度等均會導致誤差的出現。

食品安全檢測機構相似度高、檢驗項目重復。我國現有食品安全檢測機構約1100家，這些檢測機構隸屬于質檢部門、門、門、食品藥品監督管理部門、工商行政部門等。有些實驗室之間從實驗室設置、儀器種類甚至型號都相同，造成了很多檢測機構的檢驗項目一致，僅檢測的樣品不同。如門的檢測樣品多為蔬菜、水果、谷物等初級農產品;質監部門的檢測樣品除原材料外，多為加工食品;FDA的檢測多為餐飲原料乳、魚、蛋、蔬菜、谷物等，以及部分餐飲產品。但這些檢測項目都具有高度的相似性，都包括細菌和霉菌檢測、化學污染檢測，而且大部分檢測機構都能對細菌學檢驗、農藥殘留、重金屬、獸藥殘留等進行檢測，而不能對等物質進行檢測。